如何設計巢氏PCR的第一對引物,為什麼設計PCR引物時,後面那條引物設計出來後要反轉?

2022-11-26 02:16:01 字數 1827 閱讀 8590

1樓:灰原哀

可以使用primer5 或者primerdesign設計 還是主要考慮髮夾結構,gc含量,tm值和引物交叉,還有減少引物二聚體的產生。

如果是擴增啟動子的話,建議選擇引物的長度30-35bp,一般試劑盒裡有接頭引物的,只要在下游已知序列設計引物就可以咯

2樓:

巢式pcr(nested pcr),是指利用兩套pcr引物(巢式引物)對進行兩輪pcr擴增反應。

在第一輪擴增中,外引物用以產生擴增產物,此產物在在內引物的存在下進行第二輪擴增。

由於巢式pcr反應有兩次pcr擴增,從而降低了擴增多個靶位點的可能性(因為與兩套引物都互補的引物很少)增加了檢測的敏感性;又有兩對pcr引物與檢測模板的配對,增加了檢測的可靠性。

一般應用於動物方面。如:病毒,梅毒螺旋體,hiv,腫瘤基因等

巢式pcr,可以在10的六次方基因組背景下檢測到一個拷貝的病毒基因,也不像二次pcr容易產生成片的產物,是效果最好的pcr,但也因此是最容易汙染的pcr

3樓:糟油酒丸

看了下一樓的.外引物的設計似乎跟普通pcr沒有不同。但是為了確保外引物的擴增子內部有合適的位點給內引物,貌似還是先設計內引物較為恰當。

為什麼設計pcr引物時,後面那條引物設計出來後要反轉?

4樓:匿名使用者

兩條引物針對兩條鏈設計,因為擴增的方向都是5『-3』。每條引物針對一條鏈,這樣整個pcr反應就兩條鏈都合成出來了。所以設計的時候,第二條引物是用互補鏈為模板設計的,所以要反轉。

用引物設計軟體設計,很容易就搞清楚原理了,也不容易出錯。

pcr的技術的主要步驟及pcr引物設計的一般原則有哪些

什麼叫巢式pcr

5樓:南京金益柏生物科技****

就是多重pcr,第一次獲得產物濃度不夠,但迴圈數過多會造成產物質量不好,就會以第一次pcr產物為模板,設計內引物進行第二次擴增,獲得高質量產物

6樓:

巢式pcr是一種變異的聚合酶鏈反應(pcr),使用兩對(而非一對)pcr引物擴增完整的片段。第一對pcr引物擴增片段和普通pcr相似。第二對引物稱為巢式引物(因為他們在第一次pcr擴增片段的內部)結合在第一次pcr產物內部,使得第二次pcr擴增片段短於第一次擴增。

巢式pcr的好處在於,如果第一次擴增產生了錯誤片斷,則第二次能在錯誤片段上進行引物配對並擴增的概率極低。因此,巢式pcr的擴增非常特異。

7樓:匿名使用者

形象點兒說就像鳥巢,兩對兒引物,一對擴長片段,一對兒設計在長片段內,這樣做的好處是,提高擴增效率和特異性

8樓:百替生物

巢式pcr(nest pcr),使用兩對引物對目的基因進行擴增的一種pcr技術。首先在該基因起始密碼子上游數百bp和終止密碼子下游數百bp位置設定一對引物,這對引物由於可操控性大,可以將tm值,引物結構等設定到最佳。或者可以通過軟體自動分析,由機器給出引物序列。

然後再在目的基因的準確位置設計第二對引物。

在進行pcr時,先用第一對引物進行擴增,擴增後跑膠檢測,如果此時跑膠已經可以檢測出較好的條帶,可以進行**純化,再將**產物作為模板,用第二對引物進行第二輪擴增。如果第一輪產物跑膠時看不清楚條帶,則可以將產物適當稀釋,以此作為第二輪的模板進行擴增,一般在第一輪以低拷貝量存在的dna通過第二輪的擴增都可以成功獲得的。祝你成功。

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