用熒光定量pcr的方法進行相對定量其結果的穩定性,可信度如何

2021-04-18 02:33:44 字數 6387 閱讀 4942

1樓:蠢羊羊

定量pcr最好每個樣本有三個重複,每次試驗做三遍比較可靠。因為比較靈敏,有微小差異會影響很大。並且記得檢查每個孔是否有誤差很大的數值,如果有誤差很大的孔建議刪掉這個結果,可能是膜沒有密封好

2樓:匿名使用者

rt-pcr每個樣品做3個平行樣最好(其實2個也可),平行樣之間迴圈數相差在0.2之內較為可靠。結果內中有一個圖是看特容異性的,如果峰值基本都在同一位置,則再看不同樣品間迴圈數的結果較為準確。

同時還要設立內參,以確定樣品結果的可信性。

其實我也是剛剛接觸,說的不知道清楚不清楚,也不知道對你有沒有幫助。

請問熒光定量pcr進行相對定量時,若是目的基因和內參基因擴增效率不一致,為什麼會導致結果的不準確?

3樓:匿名使用者

你先得弄清相來對定量什麼自

意思,舉個例子,樣bai品a和樣品b中檢測基因duy的表達水平,以b-actin為內

zhi參,相對定量就dao是用樣品a中的基因y的量除以b-actin得到值y1,用樣品b中的基因y的量除以b-actin得到值y2,然後y1/y2就是基因y在樣品a和b中的相對錶達水平。若基因y和b-actin擴增效率不一致,那麼y1/y2就不能反映實際情況了。

擴增效率是由退火溫度和引物效率決定的,需要試多個退火溫度和多對引物,希望有幫助

4樓:匿名使用者

相對定量有抄兩種方法。要求擴增效率相同的是δδct法,因為只有擴增效率相同目的基因與內參基因的ct值之差才是恆定的值,這是使用這種方法處理資料的前提,所以正式實驗之前要進行條件優化,這種方法的優勢是不用作標準曲線。如果擴增效率不同就要用另一種雙標準曲線法,這種方法需要標準品,稀釋不同的濃度梯度,作標準曲線,根據標準曲線得到你的拷貝數在進行資料處理,得到相對值。

希望能對你有幫助……

我想問一下熒光定量pcr法用2-△△ct計算相對定量的問題

5樓:

做了一個實驗,內部參考電壓可以得到幾個ct值,會得到多個目標基因。在這種情況下,根據ct值的平均值,將得到的比率(相對量)。

實驗肯定不是唯一的一次,至少重複3次。這將是一個倍數的3個或更多,得到。 3個以上的值,你可以計算平均值和標準偏差的。

6樓:塔渟盛淑賢

你一次實驗做的資料,內參可以得到幾個ct值,目的基因也會得到幾個。這樣的話,根據平均的ct值,就會得到一個倍數(相對量)。

實驗肯定不會只做一次吧,至少重複3次以上。這樣就會得到3個以上的倍數了。3個以上的數值就可以算均數和標準差了。

我想問一下熒光定量pcr法用2-△△ct計算相對定量時結果的標準差是如何計算的

7樓:匿名使用者

這個很簡單啊。你做了一次實驗,得到的樣本做了一次pcr,得到了一次的相對定量(設對照組為1)。然後重新做實驗,再做pcr,又得到一組,這樣至少重複3次,就有3組相對定量了。計算標準差

對照組的標準差:取對照組的平均ct值設為1, 3次試驗的ct值根據2-△△ct計算相對量,可以算出對照組的標準差。

實時熒光定量pcr的結果該怎樣分析?

8樓:群英鬥將

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算;

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算;

3、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

4、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

5、看ct值是分析熒光定量pcr最直觀的一個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr熒光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

pvr的迴圈引數:

1、預變性;

模板dna完全變性與pcr酶的完全啟用對pcr能否成功至關重要,加熱時間參考試劑說明書。

2、變性步驟;

迴圈中一般95℃,30秒足以使各種靶dna序列完全變性,可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹底,易造成擴增失敗。

3、引物退火;

退火溫度需要從多方面去決定,一般根據引物的tm值為參考,根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然後在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對pcr的特異性有較大影響。

4、引物延伸;

引物延伸一般在72℃進行(taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。

5、迴圈數;

大多數pcr含25-35迴圈,過多易產生非特異擴增。

6、最後延伸;

在最後一個迴圈後,反應在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸完全,並使單鏈產物退火成雙鏈。

9樓:南京金益柏生物科技****

用2-△△ ct法算的話,應如何算? 假設檢測a基因,ct分別為(這裡記住ct越大,表明相對含量越低) 普通組/test1:28 實驗組1/test2:

29 實驗組2/test3:30 這時候要設對照了,假設test1為對照組(普通組),當然是以普通組為對照 那麼,相對含量為。

10樓:匿名使用者

看ct值、起始拷貝數、標準偏差等

如果是sybr做的話,再看下溶解曲線

熒光定量pcr的相對定量怎麼用

11樓:北京索萊寶科技****

管家基因是用來定量的。用來計算相對錶達量。管家基因在相同量樣品中的表達量我們認為是一致的。

然後根據這個量來計算你的基因在不同樣品中的表達量。所以每一個都需要單獨的樣品。基因組干擾需要你在提取rna以後用dnase處理樣品。

如果不放心,可以拿處理過的rna做膜版,跑一次,如果有帶就是有汙染,如果沒有可以合成cdna庫了。

實時定量pcr的結果是怎樣分析的

12樓:小乾乾

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算。

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算。

3、舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

4、首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

5、幾點注意:必須確定擴增的特異性,只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同),2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2,最好不用syber green。

13樓:豆村長de草

實時熒光定量pcr技術是在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

基線在pcr擴增反應的最初數個迴圈裡,熒光訊號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即基線。光域值threshold的設定,一般將pcr反應前15個迴圈的熒光訊號作為熒光本底訊號,熒光域值是pcr3-15個迴圈熒光訊號標準差的10倍,熒光域值設定在pcr擴增的指數期。

融解曲線是用來驗證擴增產物特異性的,如果產物是單一條帶,融解曲線就會出現一尖峰;如果有引物二聚體或其它非特異性擴增,就會出現至少兩個尖峰。

擴充套件資料:

時熒光定量pcr儀real-time qpcr 常見問題分析:

1、無ct值出現

1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法。則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2、ct 值出現過晚(ct>38)

1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3、標準曲線線性關係不佳

1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

14樓:匿名使用者

實時定量pcr的結果是可以和所有核酸結合,沒有特異性。

要保證特異性的話,最好用其他的方法。擴增體系中加入模板dna的體積,比如同時10微升的體系,對照組加1微升dna,實驗組加2微升dna,則實驗組的加樣量是對照組的2倍。

看ct值是分析熒光定量pcr最直觀的一個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr熒光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

real-time qpcr 常見問題分析:

一、無ct值出現

1、檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集taqman法。

則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號。

2、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性。

3、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起。

4、模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

二、ct 值出現過晚(ct>38)

1、擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等。

2、pcr各種反應成分的降解或加樣量不足。

3、pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

三、標準曲線線性關係不佳

1、加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度。

2、標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品。

3、引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針。

4、模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

四、負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

1、引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現。

2、引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比。

3、鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒。

4、模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

五、擴增效率低

1、反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解。

2、反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法。

3、反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

15樓:寵愛認

常見分析角度:

1.無ct值出現

(1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

(2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

(3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

(4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2.ct 值出現過晚(ct>38)

(1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

(2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

(3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3.標準曲線線性關係不佳

(1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

(2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

(3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

(4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

4.負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

(1)引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現;

(2)引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比;

(3)鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒;

(4)模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

5.擴增效率低

(1)反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解;

(2)反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法;

(3)反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

請問熒光定量PCR進行相對定量時,若是目的基因和內參基因擴增

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為什麼熒光定量pcr對照組相對錶達還會有bar值

熒光定量pcr會加入帶抄有熒光基團襲的探針,bai探針是能和目的基因結合的單 鏈dudna,如果合成雙鏈dna後,zhi熒光基團就dao會啟用發光,所以實時檢測反應物的熒光強度,反應的就是雙鏈dna的濃度,由於合成雙鏈dna的速率和模板濃度有關,所以和參考曲線比較以後是可以計算出模板的相對濃度,當模...

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