1樓：匿名使用者
blast（basic local alignment search tool）是一套在蛋白質資料庫或dna資料庫中進行相似性比較的分析工具。blast程式能迅速與公開資料庫進行相似性序列比較。blast結果中的得分是對一種對相似性的統計說明。
blast 採用一種區域性的演算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。 blast中常用的程式介紹： 1、blastp是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。
庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、blastx是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。
3、blastn是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、tblastn是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。
與blastx相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、tblastx是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。
怎樣用ncbi在乙個特定全測序基因組裡面查詢乙個特定的基因？比如在楊樹基因組裡面查詢ap1這個基因
2樓：網友
以基因的名稱（ap1）和物種的名稱（如楊樹）去檢索，如果只需要cdna序列，資料庫選擇unigene。 如果需要該基因的基因組序列，選擇genome.
3樓：家love心之所屬
直接進入ncbi的genebnk,輸入ap1，含有該基因的全部物種將會顯示，再選楊樹的就可以了，一切有關的該基因資訊就有了。
4樓：
如果你知道編號就更好了，現在ap1 結果又245個，我對楊樹不熟悉，需要你自己篩選。
首先進入。之後再左邊有個gene，點選它，進入基因主頁然後在find genes by...找gene name (symbol)這一項，進入按照基因名稱檢索介面好運。
5樓：網友
實在不行就找其他ap1基因來在楊樹genome裡blast。可能命名不太一樣找不到 有時候。
怎麼用bioedit在基因組序列中找出已知序列的序列相似
6樓：網友
你需要把基因組資料做成本地資料庫，使用選單裡的create a local nucleotide database file功能建立本地dna資料庫，建庫的原始資料需要做成fasta格式的，建成的資料庫存放在。bioedit\database資料夾裡。
然後用另一種菌的基因序列和基因組本地資料庫做blastn或者tblastx（圖二），就能找到與這個基因序列相似性較高的contig了。
我的bioedit版本較低，估計也能參考吧。
7樓：網友
1. 用已有的contig序列製作乙個資料庫。
2. 用新的序列作為query, 資料庫選擇剛剛建好的那個，設定blastn引數(就是定義相似性）
通常看e-value，越小越好，然後看hits的長度。如果相似性很高，但覆蓋率比較小，也不是你希望的結果。
有一段dna序列資料，如何快速的知道該序列對應基因及其功能？
8樓：浙大阿公尺巴
ncbi blast，看看同源的序列是什麼基因和功能，那你這也差不多就是什麼基因和功能。
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