1樓：美吉生物
hieseq，原理：hiseq 2000的測序原理和genome analyzer相同，採用穩定的可逆終止法邊合成邊測序技術。該技術使用4種含有末端阻斷基團和不同熒光訊號的鹼基進行模板互補鏈的合成，不僅確保了測序的高精確性和高順序性，而且排除了由重複序列和同聚物導致的測序錯誤。
dna甲基化全基因組測序需要完整的基因組註釋嗎
2樓：匿名使用者
測序覆蓋度：基因組被測序得到的鹼基覆蓋的比例；測序覆蓋度是反映測序隨機性的指標之一；測序序深度與覆蓋度之間的關係可以過lander-waterman model（1988）來確定。當深度達到5x時，則可覆蓋基因組的約99.
4%以上。
有沒有 rna 甲基化測序的技術
3樓：匿名使用者
有，二代測序，可以找一家專業檢測甲基化的技術服務公司諮詢一下，，不過為什麼一定要用測序檢測甲基化呢？除了測序，目前有很多檢測甲基化的方法，如msp、bsp、msap、晶片法、hrm、massarray等，應該依據自己的實驗樣本和實驗目的選擇適合的檢測方法。
甲基化測序中cpg o/e值是什麼意思
4樓：蘿蔔蹲兔子蹲
你好連起cg點其c甲基化
覺提問沒意義
建議自查查資料
第二代dna測序技術的操作流程
5樓：咪浠w眯兮
操作流程如下：
1、測序文庫的構建
首先準備基因組，然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段，並在兩頭加上特定的接頭。如果是轉錄組測序，則文庫的構建要相對麻煩些，rn**段化之後需反轉成cdna，然後加上接頭，或者先將rna反轉成cdna，然後再片段化並加上接頭。
2、錨定橋接
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行，flow cell又被細分成8個lane，每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構，以供後續的預擴增使用。
3、預擴增
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增，單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性，釋放出互補的單鏈，錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈，將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4、單鹼基延伸測序
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增，在每一個測序簇延伸互補鏈時，每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光，測序儀通過捕獲熒光訊號，並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰，從而獲得待測片段的序列資訊。
5、資料分析
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分，但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列，要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架，或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上，並進一步分析得到有生物學意義的結果。
illumina/solexa genome analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在sanger等測序方法的基礎上，通過技術創新，用不同顏色的熒游標記四種不同的dntp，當dna聚合酶合成互補鏈時，每新增一種dntp就會釋放出不同的熒光，根據捕捉的熒光訊號並經過特定的計算機軟體處理，從而獲得待測dna的序列資訊。
6樓：kyoya六
1）測序文庫的構建（library construction）
首先準備基因組（雖然測序公司要求樣品量要達到200ng，但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中），然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段，並在兩頭加上特定的接頭（adaptor）。如果是轉錄組測序，則文庫的構建要相對麻煩些，rn**段化之後需反轉成cdna，然後加上接頭，或者先將rna反轉成cdna，然後再片段化並加上接頭。片段的大小（insert size）對於後面的資料分析有影響，可根據需要來選擇。
對於基因組測序來說，通常會選擇幾種不同的insert size，以便在組裝（assembly）的時候獲得更多的資訊。
2）錨定橋接（su***ce attachment and bridge amplification）
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行，flow cell又被細分成8個lane，每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構，以供後續的預擴增使用。
3）預擴增（denaturation and ***plete amplification）
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增，單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性，釋放出互補的單鏈，錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈，將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4）單鹼基延伸測序（single base extension and sequencing）
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增，在每一個測序簇延伸互補鏈時，每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光，測序儀通過捕獲熒光訊號，並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰，從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling，illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響，如熒游標記的不完全切割。
隨著讀長的增加，錯誤率也會隨之上升。
5）資料分析（data analyzing）
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分，但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列，要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架，或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上，並進一步分析得到有生物學意義的結果。
第二代高通量測序都有哪些平臺
7樓：上海基研生物
illumina公司的solexa測序平臺，目前主流的型號的hiseq-2500，以及hiseq-2000，資料通量在每張flow cell 300g資料，每次最多可以上2張flow cell，單張flow cell執行時間大約在11天左右。讀長通常是100bp，據說近期有了長度上的突破。還有一個型號是miseq，該機器執行通量較小，但是讀長大約在150bp以上，常用於微生物檢測，而且該型號獲得fda認證，可以進行臨床樣本的檢測。
solexa的錯誤型別主要是顛換。
羅氏454平臺，主要特點是測序長度很長，目前大於1k的測序沒有什麼難度了，比較適合基因組測序，用於搭建基因組框架，也常用於微生物基因組測序。該平臺主要的錯誤型別是插入缺失。
abi的solid平臺，聽說該平臺不在維護了，故而不再描述。
life的ion torrent平臺，目前主要有2種型號，較早的一個型號是pgm，該測序儀原理類似於454測序，與454不同的是，454是化學反應發光進行檢測，而pgm是半導體測序，檢測h離子，如果發生了鹼基互補配對，那麼高能磷酸鍵就會釋放h離子，導致電位變化，從而根據已知加入的鹼基，就可以判斷待測序列是否與已知加入的鹼基發生互補，從而達到測序目的，測序長度可以達到400bp，主要用於微生物的檢測，錯誤型別也是插入缺失錯誤。最新的型號是ionproton，該機器與pgm測序原理一致，但是測序通量由pgm的1g資料上升至10g資料，測序精度也較pgm有大幅度提升，測序時間大約是1天。
pacbio的單分子三代測序，該測序儀最大的特點就是測序長度比454更長，更加有利於基因組的拼接工作，有些較小的微生物可以直接將基因組測通成環狀。
8樓：潛龍9勿用
illumina 的hiseq平臺和miseq平臺；羅氏的454平臺；life的ion torrent平臺。具體的通量、讀長等引數都可以在網上查到。
9樓：烏亞罕
華大基因公司測序平臺
dna甲基化測序的資料怎麼分析
10樓：ok嬤嬤嬤哦
illumina近日宣佈，其測序平臺的軟體有了突破性的改進，能進行實時分析，並顯著降低了計算機執行設施的需求。這些軟體改進，再加上新的genome analyzer iix，讓研究人員相對genome analyzer ii而言，測序產量能提高65%。然而，與當今資料越多，所需的計算能力也要相應提高的趨勢截然相反，illumina正通過實現儀器控制工作臺的鹼基檢出和質量評估，來簡化計算和資料處理。
illumina進一步優化了影象處理和資料分析，來支援測序產量的提高。軟體改進包括改良的簇檢測，每個流動池的讀長增加40%，更低的錯誤率。演算法優化上的突破讓標準的儀器控制檯能將實時的鹼基檢出和資料處理相整合，而無需轉移大的資料檔案，並將資料儲存的需要最小化。
最新的genome analyzer iix創新實現了資料產量和質量的顯著提高，代表了genome analyzer開發道路上一個重要的里程碑。新產品簡化了從樣品製備到資料分析的流程，增加了資料產量和質量，並擴充套件了genome analyzer的應用。
genome analyzer iix有兩個核心特徵：其一是更大的試劑冷卻器，支援超過100個測序迴圈，進一步提升了系統的易用性和自動化；其二是全新的流動池支架，讓每輪執行所得的高質量資料增加20%。依靠這些軟體和試劑的改進，genome analyzer iix現在能夠100 bp以上的配對末端讀長，並在每次執行中產生超過20 gb的高質量資料。
genome analyzer ii的使用者只需訂購genome analyzer iix upgrade kit，就能輕鬆升級到全新的系統。
第二代測序技術ngs是什麼有什麼優勢
ngs又叫高通量測序,主要優勢就是通量大,可以得到海量的資料。一代測序一次只能產生1k的資料。高通量最小的資料量單位也是g。高效能 低門檻 低消耗 智慧合約 資料儲存 節點api 跨鏈通訊 側鏈應用等創新優勢,強大的底層模板將支撐更多的智慧合約適用於更廣泛的應用場景 相比一代測序技術,二代測序技術具...
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